L’École a pour mission de contribuer à l’enseignement militaire supérieur interarmées en assurant la formation des officiers des trois armées, de la gendarmerie nationale et des services interarmées en matière de sciences, de techniques et de sécurité nucléaires. Elle assure aussi la formation des sous-officiers et des officiers mariniers. Enfin, elle participe à la formation des ingénieurs de la DGA et des entreprises de défense.

En pratique, l’EAMEA délivre trois types d’enseignements : ceux attachés à la propulsion nucléaire, ceux relatifs aux armes nucléaires et des enseignements plus transverses qui recouvrent la maîtrise des risques nucléaires. 

Annuellement, l’École forme environ 1 000 élèves et stagiaires au sein de 35 formations différentes allant de stages d’une semaine à des formations de plus d’un an.