La lagune de Thau est un milieu semi-fermé exposé à de nombreuses pressions anthropiques. L'IFREMER (Institut français de recherche pour l’exploitation de la Mer) déploie plusieurs réseaux d’observation pour surveiller la santé du milieu marin, des ressources exploitées, et protéger les consommateurs.

Depuis quelques années, l’IFREMER utilise une nouvelle technologie basée sur l'ADN environnemental pour suivre la biodiversité microbienne : le “metabarcoding"