Les maladies infectieuses structurent les communautés vivantes dans les écosystèmes et dépendent des interactions hôte-pathogène-environnement. Dans cet « interactome », l’effet de facteurs biotiques sur le risque infectieux en milieu marin, a reçu moins d’attention que les facteurs abiotiques. Pourtant, un animal n’est jamais isolé dans son milieu et est en perpétuelle interaction avec d’autres organismes. Lui-même, en tant qu’holobionte, est dépendant de l’équilibre de son microbiome.

Ainsi, ce travail de thèse s’est articulé sur l’influence de communautés d’algues environnantes sur le modèle de l’huître creuse et sa sensibilité à une infection virale.

Les algues vertes se sont avérées être un facteur aggravant pour la survie de l’huître, tout en causant une déstabilisation de son microbiote. Ces résultats ont été observés avec des algues de différentes origines géographiques et sur deux années. Par cette approche holistique, ces observations ont permis d’amener des perspectives dans le concept de « pathobiome », référant à tous les organismes intervenants dans l’induction d’une maladie.

Les résultats obtenus apportent des éléments de compréhension des effets biotiques sur les interactions hôte-pathogène et contribuent à une meilleure connaissance de facteurs de risques d’émergence de maladie.